نشأته:
وُلد هذا القديس حوالي سنة 597م بوعد إلهي لوالده التقي القس سيلاس، وذلك في بلدة مليج النصارى مركز شبين الكوم. اهتم والده بتربيته تربية مسيحية، ولما بلغ الثانية عشرة من عمره كان يمارس أصوام الكنيسة بنسك شديد. وقيل أنه وهو في هذه السن المبكرة كان يصوم إلى الغروب، كما كان مواظبًا على الصلاة وملازمًا للكنيسة فرُسِم أغنسطسًا (قارئًا). ولما كبر أراد والداه أن يزوّجاه لكنه أبى وصارحهما بأنه يريد أن يكون راهبًا. وكانا إذا أكثرا عليه الكلام بخصوص الزواج يبكي ويقول لهما: "إذا أوجعتما قلبي بهذا الكلام فسأمضي إلى البرية ولا ترونني". فلزما الصمت، وقالت أمه الطوباوية قسميانه: "إننا نفرح إذ يجعلنا الله مستحقين أن يكون لنا غُرس مبارك في أورشليم السمائية".
رهبنته:
بعد نياحة والديه قصد برية شيهيت حوالي عام 619م، وتوسّل إلى الله أن يرشده إلى أين يذهب، فأرشده بملاكٍ إلى دير القديس مقاريوس، حيث تتلمذ على أب ناسك قديس يدعى أغاثون الذي رهبنه وألبسه الإسكيم الرهباني. كان يقتفي أثر معلمه الروحاني، فكان يصوم ولا يأكل إلا مرتين في الأسبوع، وكان لا يأكل خبزًا مدة الصوم الكبير. وكان حارًا في صلواته مداومًا على القراءة في الأسفار الإلهية وسير الآباء القديسين. وكل من كان يراه كان يتعزّى من منظره. وبعد أن أقام عند أبيه الروحي الأنبا أغاثون ثلاث سنوات تنيّح الشيخ، فانفرد متوحدًا وزاد في جهاده، ورسموه قسًا على كنيسة القديس مقاريوس بالإسقيط. في زمان حكم المقوقس الحاكم والبطريرك الملكاني على مصر، وفي حبرية البابا بنيامين الثامن والثلاثين جددوا اضطهاد الأقباط، وحاولت الدولة الرومانية بكل وسائلها إخضاعهم لقبول طومس لاون أسقف روما وقرارات مجمع خلقيدونية. وصل رسول من عند المقوقس إلى دير أبي مقار ومعه طومس لاون المذكور وقرأه على مسامع شيوخ الدير ثم سألهم: "أتؤمنون بهذا الإيمان المكتوب الذي قرأته عليكم؟" أما الرهبان فلزموا الصمت. اغتاظ رسول المقوقس وصاح في الرهبان: "أما تتكلمون بشيء أيها الرهبان العُصاة؟" عندئذ أخذت غيرة الرب الأنبا صموئيل وأمسك بالطومس وقال للرهبان: "يا آبائي لا تخافوا ولا تقبلوا هذا الطومس. محروم مجمع خلقيدونية ومحروم لاون المخالف، ومحروم كل من يؤمن بإيمانه" ثم مزّق الطومس ولعن كل من يغيّر الإيمان المستقيم. غضب رسول المقوقس الذي كان من رجال الحكومة وأمر أتباعه أن يعذبوه ويضربوه، فضربوه ضربًا مبرحًا بالسياط حتى أصابت إحدى عينيه فقُلِعت، وكانت الدماء تسيل منه بغزارة، وحينئذ قال له القائد: "اعلم أن فقْأ عينيك هو الذي نجّاك من الموت. وأنا مكتفِ بذلك". ثم طرده من الدير فأتاه ملاك وعزّاه وأمره بالذهاب إلى إقليم الفيوم ليُقيم في الجبل المسمّى القلمون جنوبي إقليم الفيوم، وبالفعل مضى وسكن هناك. سبيه تعرّض هذا القديس لتجربة مُرّة: سُبي مرتين بواسطة البربر وفي المرة الثانية قدموه لرئيس كورتهم ويدعى زكردش، حيث التقى بالقديس يحنس قمص شيهيت. وكان هؤلاء البربر يعبدون الشمس، وحذّر الأنبا يحنس الأنبا صموئيل من هؤلاء البربر، وقال له إنه نالته آلام كثيرة بسبب محاولة إخضاعه لعبادتهم. لما طلب الرئيس البربري من أنبا صموئيل أن يسجد للشمس حال شروقها رفض، فغضب عليه وضربه ضربًا مبرحًا، ثم أوثقه في إسطبل للجمال وتركه مقيدًا لمدة خمسة أيام بدون طعام أو شراب، بعده أطلقه سيده ليرعى جماله في الحقل. وكان يتعزّى برفقة الأنبا يحنس.
